Počas tohto obdobia bol Libanon rozdelený na niekoľko provincií: Severná a Južná hora Libanon, Tripolis, údolie Baalbek a Beqaa a Jabal Amel. Na juhu hory Libanon sa v roku 1590 Fakhr-al-Din II stal nástupcom Korkmazu. Čoskoro si upevnil svoju autoritu ako najvyšší princ Drúzov v oblasti Shouf na Mount Libanon. Nakoniec bol Fakhr-al-Din II vymenovaný za Sanjakbey (guvernér) niekoľkých osmanských subprovincií so zodpovednosťou za vyberanie daní. Rozšíril svoju kontrolu nad podstatnou časťou hory Libanon a jej pobrežnou oblasťou, dokonca vybudoval pevnosť až do vnútrozemia ako Palmýra. Tento presah sa nakoniec stal príliš veľkým pre osmanského sultána Murada IV., ktorý v roku 1633 vyslal trestnú výpravu, aby ho zajal. Odviezli ho do Istanbulu, dva roky držali vo väzení a potom v apríli 1635 spolu s jedným zo svojich synov popravili. Preživší členovia rodiny Fakhr al-Din ovládali zmenšenú oblasť pod užšou osmanskou kontrolou až do konca 17. storočia.
Po smrti posledného maanského emíra vládli hori Libanon rôzni členovia klanu Shihab až do roku 1830. Vzťah medzi Drúzmi a kresťanmi v Libanone sa vyznačoval harmóniou a mierovým spolunažívaním, pričom priateľské vzťahy medzi týmito dvoma skupinami prevládali počas celej histórie. s výnimkou niektorých období vrátane občianskej vojny na Mount Libanon v roku 1860; Približne 10 000 kresťanov bolo zabitých Drúzmi počas medzikomunálnych násilností v roku 1860. Krátko nato bol Emirát Mount Lebanon, ktorý trval asi 400 rokov, nahradený Mount Lebanon Mutasarrifate, ako výsledok európsko-osmanskej zmluvy tzv. Règlement Organique. Mount Lebanon Mutasarrifate (1861 – 1918, arabsky: متصرفية جبل لبنان; turecky: Cebel-i Lübnan Mutasarrıflığı) bol jednou z reforiem Osmanskej ríše po Tanzimat. Po roku 1861 tu existovala autonómna hora Libanon s kresťanským mutasarrıf, ktorá bola vytvorená ako vlasť pre Maronitov pod európskym diplomatickým tlakom po masakroch v roku 1860. Maronitskí katolíci a drúzi založili moderný Libanon na začiatku osemnásteho storočia prostredníctvom vládnuceho a sociálneho systému známeho ako „maronitsko-drúzsky dualizmus“ v Mount Lebanon Mutasarrifate.
Údolie Baalbek a Beqaa a Jabal Amel boli prerušovane ovládané rôznymi šiitskými feudálnymi rodinami, najmä Al Ali Alsagheer v Jabal Amel, ktorý zostal pri moci až do roku 1865, keď Osmani prevzali priamu vládu nad regiónom. Youssef Bey Karam, libanonský nacionalista, zohral počas tejto éry vplyvnú úlohu pri nezávislosti Libanonu.
Približne 100 000 ľudí v Bejrúte a Mount Lebanon zomrelo od hladu počas prvej svetovej vojny. V roku 1920, po prvej svetovej vojne, sa oblasť Mutasarrifate a niektoré okolité oblasti, ktoré boli prevažne šiitské a sunnitské, stali súčasťou štátu Veľký Libanon. v rámci mandátu pre Sýriu a Libanon. V prvej polovici roku 1920 bolo libanonské územie nárokované ako súčasť Sýrskeho arabského kráľovstva, ale zakrátko francúzsko-sýrska vojna vyústila do arabskej porážky a kapitulácie Hášimov.
1. septembra 1920 Francúzsko obnovilo Veľký Libanon po tom, čo vláda Moutasarrifiya odstránila niekoľko regiónov patriacich Libanonskému kniežatstvu a pridelila ich Sýrii. Libanon bol prevažne kresťanskou krajinou (hlavne maronitské územie s niektorými gréckymi ortodoxnými enklávami), ale zahŕňal aj oblasti s mnohými moslimami a Drúzmi. 1. septembra 1926 Francúzsko vytvorilo Libanonskú republiku. 25. mája 1926 bola prijatá ústava zakladajúca demokratickú republiku s parlamentným systémom vlády.