Región, ktorý je teraz Libanonom, sa rovnako ako zvyšok Sýrie a veľkej časti Anatólie stal hlavným centrom kresťanstva v Rímskej ríši počas skorého šírenia viery. Koncom 4. a začiatkom 5. storočia založil pustovník menom Maron mníšsku tradíciu zameranú na dôležitosť monoteizmu a askézy v blízkosti stredomorského pohoria známeho ako Mount Libanon. Mnísi, ktorí nasledovali Marona, šírili jeho učenie medzi Libanončanmi v regióne. Títo kresťania sa stali známymi ako Maroniti a presťahovali sa do hôr, aby sa vyhli náboženskému prenasledovaniu rímskymi autoritami. Počas častých rímsko-perzských vojen, ktoré trvali mnoho storočí, sásánovskí Peržania okupovali v rokoch 619 až 629 územie dnešného Libanonu. Počas 7. storočia moslimskí Arabi dobyli Sýriu a vytvorili nový režim, ktorý nahradil Byzantíncov. Hoci islam a arabčina boli v tomto novom režime oficiálne dominantné, všeobecná populácia len postupne konvertovala od kresťanstva a sýrskeho jazyka. Najmä maronitská komunita si dokázala udržať veľkú mieru autonómie napriek striedaniu vládcov nad Libanonom a Sýriou.
Relatívna (ale nie úplná) izolácia libanonských hôr znamenala, že hory slúžili ako útočisko v časoch náboženských a politických kríz v Levante. Ako také hory vykazovali náboženskú rozmanitosť a existenciu niekoľkých dobre etablovaných siekt a náboženstiev, najmä maronitov, drúzov, šiitských moslimov, ismailitov, alavitov a jakobitov.
Počas 11. storočia sa z vetvy šiitského islamu vynorilo drúzske náboženstvo. Nové náboženstvo získalo nasledovníkov v južnej časti Mount Libanon. Južná časť hory Libanon bola do začiatku 14. storočia ovládaná drúzskymi feudálnymi rodinami. Maronitská populácia sa postupne zvyšovala v Severnej hore Libanon a Drúzovia zostali v Južnej hore Libanon až do modernej éry. Keserwan, Jabal Amel a údolie Beqaa ovládali šiitské feudálne rodiny pod vedením Mamlukov a Osmanskej ríše. Veľké mestá na pobreží, Sidon, Tyre, Acre, Tripolis, Bejrút a ďalšie, boli priamo pod správou moslimských kalifov a ľudia začali byť viac pohltení arabskou kultúrou.
Po páde Rímskej Anatólie do rúk moslimských Turkov vyzvali Byzantínci v 11. storočí pápeža v Ríme o pomoc. Výsledkom bola séria vojen známych ako križiacke výpravy, ktoré začali Frankovia zo západnej Európy s cieľom získať späť bývalé byzantské kresťanské územia vo východnom Stredomorí, najmä Sýriu a Palestínu (Levantu). Prvou križiackou výpravou sa podarilo dočasne ustanoviť Jeruzalemské kráľovstvo a Tripolis ako rímskokatolícke kresťanské štáty pozdĺž pobrežia. Tieto križiacke štáty mali trvalý vplyv na región, hoci ich kontrola bola obmedzená, a región sa po dvoch storočiach po dobytí mamlúkmi vrátil pod úplnú moslimskú kontrolu.
Medzi najtrvalejšie následky križiackych výprav v tomto regióne patril kontakt medzi Frankami (t. j. Francúzmi) a Maronitmi. Na rozdiel od väčšiny iných kresťanských komunít vo východnom Stredomorí, ktoré prisahali vernosť Konštantínopolu alebo iným miestnym patriarchom, Maroniti hlásali vernosť pápežovi v Ríme. Ako takých ich Frankovia vnímali ako rímskokatolíckych bratov. Tieto počiatočné kontakty viedli k stáročnej podpore Maronitov z Francúzska a Talianska, a to aj po páde križiackych štátov v regióne.